Para tratar de individualizar a un caballo del resto de los miembros de su especie se han aplicado –a través de los años– varios métodos. Por un lado, la marcación a fuego con la marca o señal que tenía registrada su propietario, así como se han utilizado en los animales de raza marcas con números, que en ese caso identifican a un caballo en particular. Una manera específica que se ha usado en muchas ocasiones es consignando en fichas los datos que nos brinda el cuerpo del caballo, la edad, el sexo, la altura y, por supuesto, la coloración que muestra su pelaje (cuerpo, cabeza y extremidades), ya que en algunos animales lo particularizan específicamente. También las cicatrices, coloración de los ojos y remolinos son utilizados con el fin de identificarlo. Estas referencias son volcadas a las fichas junto con detalles de la cabeza, frente, posterior y ambos costados.
Las fotografías de sus perfiles constituyen un método de suma utilidad en aquellos animales o razas que tienen gran variedad de manchas en su pelaje, porque es muy difícil realizar el dibujo de las mismas en una ficha. Además la foto tiene la particularidad de expresar en forma exacta ciertos detalles del animal. Los espejuelos o también llamadas castañas son masas de sustancia córnea con un tamaño y forma específica para cada animal. Están localizadas en la cara interna del garrón o tarso y también en el antebrazo, a unos 10 centímetros por encima del carpo. La que se encuentra en el miembro anterior mide de 4 a 7 centímetros de largo y es de contorno oval. La del garrón puede medir de 5 a 7 centímetros de largo y es de forma ancha por abajo y alargada por arriba.
En los animales de raza se emplea una moderna metodología que consiste en el análisis de ADN. Está basado en un procedimiento científico, tiene la particularidad de ser confiable y aporta exactitud para establecer los datos de un animal. El chip consta de otro sistema. Es una tecnología actual utilizada en varios caballos. Este elemento se aplica por debajo de la piel y cuando se acerca un aparato conocido como lector a esa zona se visualiza una numeración que es específica. Otras formas de identificación son marcas a fuego en los cascos, en frío y los tatuajes.